Le logo du CCEK illustre en son centre un paysage abstrait représentant certains éléments de l’environnement (la terre, la mer et le ciel), sources des traditions du peuple inuit. Dans la partie supérieure du cercle, des ondulations évoquent la présence d’aurores boréales, symbole indéniable du Nord. La ligne blanche horizontale qui traverse le logo représente la neige et la glace. Cette imagerie est entourée par trois formes humaines qui tendent les bras pour se donner la main. Chacune des formes représente une des trois entités composant le CCEK : l’Administration régionale Kativik, le gouvernement du Québec et le gouvernement du Canada. Ces formes humaines mettent en valeur les efforts de tous pour la protection de l’environnement du Nunavik, et illustrent l’aspect social des travaux du CCEK. Le bleu évoque le climat arctique du territoire d’application des travaux du CCEK. Les teintes de bleu et le blanc du logo du CCEK rappellent aussi celles du logo de la CBJNQ, entente marquante dans l’histoire du Nunavik, et en vertu de laquelle le CCEK a été créé.